Câu chuyện của Evangelion bắt đầu vào năm 2000 Sau Công nguyên. Một vụ nổ khủng khiếp xảy ra ở Nam Cực. Sức nóng mà vụ nổ tạo ra đã làm tan băng ở Nam Cực, gây ra những đợt sóng thần làm chết hơn một nửa dân số trên Trái Đất, và đưa toàn bộ nhân loại vào một thời kì khó khăn chưa từng có. Thảm hoạ này được đánh dấu là Chấn động thứ 2 - "2nd IMPACT" (Chấn động thứ nhất - "1st IMPACT" chính là vụ va chạm giữa Trái Đất và một mảnh thiên thạch làm tuyệt chủng loài khủng long ở kỷ băng hà). Trong năm 2000 A.D, vụ nổ đó đã xuất hiện một sinh vật khổng lồ, "Thiên thần" (ANGEL) đầu tiên được đặt tên là ADAM, một phần thế giới đã bị phá hủy bởi nó, sự kiện gây chấn động loài người trong "2nd IMPACT". Từ đó, ANGEL bị con người xem như một loại "quái vật" và là một hiểm họa với sự tồn vong của nhân loại. Lý do của Chấn động thứ 2 - "2nd IMPACT" và sự xuất hiện của Angel đầu tiên đều hoàn toàn bị những tổ chức có quyền lực đưa ra những giải thích giả tạo và bưng bít.

Phải tới năm 2015 A.D, một khoảng thời gian dài 15 năm từ Chấn động thứ 2 - "2nd IMPACT", loài người mới có đủ khả năng tìm ra cách đối phó với sự xâm lược trở lại của ANGEL, một tổ chức bí mật được gọi là NERVE đã hình thành và được tài trợ tuyệt đối, nhằm tạo ra những vũ khí chống lại ANGEL. Trong đó, có một thứ là "Human shaped final battle weapon", tên chính thức là: Evangelion (EVA) - thứ vũ khí duy nhất đủ mạnh mẽ bảo vệ loài người trước những ANGEL. Kế hoạch "Marduke" được bắt đầu từ năm 2001 A.D với mục tiêu tìm ra được những phi công phù hợp cho Evangelion; họ mới chỉ tìm được ba người ở tuổi 14, được gọi là "Đứa trẻ" gồm có: Ikari Shinji, Ayanami Rei và Soryu Asuka Langley. Ikari Shinji - "đứa trẻ thứ ba" đã giáp mặt với ANGEL trong lần tấn công đầu tiên của loài ANGEL sau 15 năm.

Ikari Shinji là một cậu bé mồ côi mẹ và rất ghét cha mình, người mà Shinji đã không gặp trong nhiều năm. Một hôm vào năm 2015 A.D, Shinji nhận được lệnh của cha và đến Neo Tokyo-3. Shinji chứng kiến một sinh vật khổng lồ gọi là ANGEL tấn công thành phố; cậu được một phụ nữ tên là Misato đón và đưa đến một căn cứ bí mật dưới lòng đất gọi là NERV, nơi mà cha cậu đang là chỉ huy. Shinji được lệnh phải lái một robot để chiến đấu chống lại ANGEL, và cậu không đồng ý. Tuy nhiên khi chứng kiến Ayanami Rei, một cô gái nhỏ nhắn đang bị thương tích đầy mình phải vào buồng lái, Shinji miễn cưỡng chấp nhận lời đề nghị chiến đấu cùng với EVA –01, thay thế cho cô gái và trèo vào robot EVA để chiến đấu chống lại ANGEL. Shinji đã bước chân vào một thế giới với những mối quan hệ phức tạp, với đau khổ và cô đơn, thế giới bí ẩn của những EVA và ANGEL.

Tuy nhiên, NGE không phải nói về những anh hùng cứu Trái Đất khỏi những kẻ xâm lược, và sau mỗi tập phim, chiến thắng không đem lại niềm vui mà là sự kinh hoàng và đau đớn. Các nhận vật không muốn bị ném ra nơi mà họ có thể chết bất kỳ lúc nào nhưng họ bị bắt buộc phải làm vì chỉ có họ mới có khả năng chiến đấu với các ANGEL và nếu họ không muốn chiến đấu thì cả thế giới sẽ chết cũng như sẽ bị đổ lỗi về sự hủy diệt đó đơn giản vì họ có thể làm nhưng lại không muốn làm mà không cần biết các nhân vật cảm giác ra sao. Vô số thông điệp nằm rải rác trong anime muốn nhắn nhủ rằng kẻ thù của loài người chính là loài người, và chúng ta đang đi trên con đường tự hủy diệt mình. Mỗi nhân vật trong phim là một trường hợp bị chấn động tinh thần nặng. Đạo diễn Anno đã thú nhận rằng mình viết kịch bản trong lúc đang bị trầm cảm, và chính ông nói rằng "không hiểu tại sao NGE lại nổi tiếng đến thế trong khi tất cả các nhân vật đều điên loạn".